La col·lecció permanent de l'Acadèmia inclou obres mestres de l'art espanyol, italià i flamenc. Els visitants podran gaudir d'obres com l'únic Arcimboldo conservat a Espanya, impressionants pintures de Goya com El tirà i el famós Enterrament de la sardina, obres de Leandro Bassano, Mengs, Ribera, Rubens, Tintoretto, Van Loo, Zurbarán i l'esplèndid El somni dels cavallers de Pereda.

El segle XIX està representat pels retrats de Vicente López, José de Madrazo i Federico de Madrazo, així com per les obres romàntiques d'Esquivel i els paisatges de Haes. El segle XX mereix una atenció especial ja que ens permet una visió de l'art modern, un recorregut que va des de Sorolla fins a les avantguardes actuals, passant pel regionalisme de Sotomayor, els retrats de Vázquez Díaz i els paisatges de Benjamín Palencia i Francisco Lozano. El museu també ofereix una important col·lecció de repartiments i escultures que daten del segle XVII.