De permanente collectie van de Academie omvat meesterwerken van Spaanse, Italiaanse en Vlaamse kunst. Bezoekers kunnen genieten van werken als de enige in Spanje bewaarde Arcimboldo, indrukwekkende schilderijen van Goya zoals De Tiran en de beroemde Begrafenis van de Sardine, werken van Leandro Bassano, Mengs, Ribera, Rubens, Tintoretto, Van Loo, Zurbarán en het schitterende De herendroom van Pereda.
De 19de eeuw wordt vertegenwoordigd door de portretten van Vicente López, José de Madrazo, en Federico de Madrazo, en de romantische werken van Esquivel en de landschappen van Haes. De 20ste eeuw verdient speciale aandacht, want die geeft ons een visie op de moderne kunst, een reis die loopt van Sorolla tot de huidige avant-garde, via het regionalisme van Sotomayor, de portretten van Vázquez Díaz en de landschappen van Benjamín Palencia en Francisco Lozano. Het museum biedt ook een belangrijke collectie afgietsels en beeldhouwwerken uit de 17de eeuw.
