La costruzione del Palazzo Nazionale di Ajuda non è avvenuta senza la sua parte di problemi. La struttura che vedi oggi non è l'originale. Il palazzo fu originariamente progettato come residenza estiva nella prima metà del XVIII secolo dal re Giovanni V, ma la costruzione iniziò solo dopo che Paço da Ribeira, la residenza reale nel centro di Lisbona, fu distrutta da un terremoto nel 1755.

Il primo Palazzo di Ajuda era fatto di legno, ma bruciò nel 1794. Poi fu costruito l'edificio molto più resistente al fuoco che vedi oggi. Fino ad oggi, le cerimonie per la Repubblica e la presidenza si tengono nel palazzo.