Το κτίριο του Εθνικού Παλατιού της Ατζούντα δεν χτίστηκε χωρίς προβλήματα. Η δομή που βλέπετε σήμερα δεν είναι η αρχική. Το παλάτι σχεδιάστηκε αρχικά ως θερινή κατοικία στο πρώτο μισό του 18ου αιώνα από τον βασιλιά Ιωάννη Ε΄, αλλά η κατασκευή του θα ξεκινούσε μόνο αφού το Paço da Ribeira, η βασιλική κατοικία στο κέντρο της Λισαβόνας, καταστράφηκε από σεισμό το 1755.

Το πρώτο παλάτι της Ajuda ήταν κατασκευασμένο από ξύλο, αλλά κάηκε το 1794. Τότε, κατασκευάστηκε το πολύ πιο πυράντοχο κτίριο που βλέπετε σήμερα. Μέχρι σήμερα, στο παλάτι πραγματοποιούνται οι τελετές για τη Δημοκρατία και την προεδρία.