Musée Unterlinden, der engang var et kloster for dominikanske søstre, er nu hjemsted for endnu flere hellige relikvier. Ved siden af den berømte Isenheim-altertavle er der en række andre altre fra middelalderen – herunder den største samling af malerier af Martin Schongauer.
Kunst er ikke alt, der er. Museets samling af arkæologiske fund spænder over omkring 7.000 år, herunder græsk-romerske mosaikker, et cembalo fra det 17. århundrede og moderne vidundere som Jean Dubuffets Don Coucoubazar.